小尼基弗鲁斯对他妻子的阴谋毫无兴趣，所以安娜企图扶植他丈夫登基的阴谋也随之破灭。安娜的所有财产都被查抄，皇帝希望将她的财产都送给他的好友约翰·阿克苏赫。但阿克苏赫明智地拒绝了，最终在阿克苏赫的影响下约翰和姐姐达成某种程度的和解并且她的财产也被返还。太后伊琳娜被遣送到了修道院，安娜似乎也退出了政治生活，她深居简出地成为了一位历史学家。然而她的丈夫小尼基弗鲁斯却被皇帝委以重任。为了维护他自己的权力延续，约翰于1122年将他年轻的儿子阿莱克修斯加冕为共治皇帝。

内政

家族内兴起的反对约翰登基的阴谋活动，影响了约翰的统治方式-他任用王族外的人担任官职以帮助治理帝国，这一点与其父将王室成员与大部分军政要职相联系的方式显著不同。

约翰·阿克苏赫是约翰二世惟一的挚友，也是皇帝最亲近的顾问。他本是一个突厥人，尼西亚城破后还是孩子的他便被俘并被作为礼物献给了约翰的父亲阿莱克修斯一世。阿莱克修斯皇帝认为阿图什将是他儿子的一位好伙伴，所以阿图什得以与皇子一同在帝国宫廷中成长。约翰二世即位后阿克苏赫立即就被任命为大统领megas&ns(greek:μ?γα?δoμ?σtiko?)即为拜占庭军队的总司令。曼努埃尔一世统治早期，还成为了帝国内政的首席管理者并掌管“国玺“。这个非正式的职位就像当时的mesazon(调解人)也相当于维齐尔或现代的首相。这次委任是标志性的，彻底背离了阿莱克修斯一世时任人唯亲的方针。皇室成员们隐藏了他们对这个决定的怨恨，当双方会面的时候，他们被迫对阿图什表示敬意。

皇帝完全信任他所任命的官员，他们往往因自己的能力被选拔而不是与皇室家族和贵族宗族的联系。直到他的统治结束，他也不希望皇室成员干涉政治事务。约翰还指定了许多他父亲以前的仆从担任高官如:eustathios kamytzes，michaelitzes styppeie&ns。在阿莱克修斯一世统治晚期、约翰的母亲处于支配地位的那段时间里，这些人都在政治上受到排挤。约翰二世也培养了许多优秀的人才其中包括gregory&nre vatatzes。他们的后两位还成为了约翰的义子。

尽管约翰二世失去了对皇亲国戚们的依赖与信任，但他的政府也与其父父亲依然有许多的相似之处，例如对宗教的虔诚与严肃的政治基调。其实，一些阿莱克修斯对于政务上的建议还被以诗歌的形式被收集起来并被称作mousai。这本书是为了告诫约翰而写的书中劝诫他在治国上首要的是维护公平正义并保持财政上的充足。即使在老皇帝去世之后，他的执政建议也能因此继续影响他的儿子。

约翰的军事行动使得安娜托利亚西部的军事实力与经济得到了稳定的恢复，这使他可以开始对这些地区设立普罗尼亚制度了(provincia)。行政中心在非拉铁非城的色雷斯松军区被重新建立。在色雷斯松(thrakesion)以南一个名为noudion 的军区也被建立。

外交手腕

约翰二世对西方外交政策的核心就是与神圣罗马帝国皇帝结盟。这一政策是很有必要的，因为可以减少南意大利的诺曼人对帝国巴尔干领土所造成的威胁。在西西里的罗杰二世称王并在南意大利获得了至高无上的地位，并建立了一支强大的海军之后，这一威胁变得尤其严重了。为了报答神罗皇帝洛泰尔三世在1136年入侵诺曼人的领地并向南一直推进到巴里，他获得了拜占庭的回报，其中包括一份巨大的酬金。由于教宗英诺森二世与教会在意大利的领地受到了支持对立教宗aus ii的罗杰二世的威胁，所以他也加入了约翰与洛泰尔的联盟。然而事实上该同盟难以抗衡