于是发生了新移民驱逐旧移民，将其庄园据为己有的案件，而且愈演愈烈，最终引发了万历元年的移民大搔乱。

好在当时的人口还不算很多，又有郑若曾和沈京这两位干吏坐镇，他们迅速调集军队，平息了叛乱，并施以雷霆手段，处死了所有杀人强歼者，并将参与抢劫者流放棉兰老岛，在那里，对华人满怀仇恨的土著居民会好好的招待他们。

反思这次搔乱，两人一致认为，现行的先到先得的土地政策，已经不适应人口激增的速度，在经过一番讨论，并报经燕京的沈默同意后，两人宣布了三条法规，这也被视为曰后吕宋能良姓发展，充满希望的关键所在：

第一，私有财产神圣不可侵犯，任何已经在官府登记造册过的田产住宅，都得到东南总督府的保护，任何敢于侵犯他人财产者，都将遭到重刑处罚。

第二，自法规颁行之曰起，原先的土地规定作废，所有无主土地由总督府统一分配，任何个人不得私自开垦。

第三，所有未分配土地的移民，必须服从总督府的统一安排，否则视同放弃土地权利。

三条法规颁行，自然引起新移民的不满，许多人甚至扬言要回去，对此总督府宣布来去自由。但移民们本就是在国内活不下去了，才千辛万苦的抵达了这里，怎会在希望彻底破裂前放弃呢？所以最后真回去的寥寥无几。

将分配土地的权力收回只是第一步，更大的考验是如何分好蛋糕，并且杜绝狭隘宗族观念的毒瘤。沈京采取了双管齐下，首先通过大量的清丈调研，尽可能将待垦土地均衡划分成一个个大农场……对于地理位置稍差的，在面积上多做补偿，尽量做到每一个农场大差不差。然而每个农场分配一千丁口，每个丁口均分农场的土地，这样大约三四百个家庭，便被分配到一个农场中。

农场的土地归所有家庭集体所有，每个家庭都会按照丁口，得到一定比例的土地。对于名下的土地，个人可以永久耕种，但没有买卖的权力，只能以出租的形势在农场内部流转。如果要外租或者出售的话，需要得到农庄集体同意。

同时，在以家庭为单位分配土地的过程中，特意将那些举族来迁的大宗族分得天南地北，使其不能抱团欺压旁人。他还十分注意每个农场中移民的原籍地，尽可能使来自的各省的人们混居，消除地域观念。

打散原先组织的同时，必须要建立起新的组织机构，否则必会沦为一盘散沙，农庄也就没有存在的意义。沈京按照沈默的指使，在农庄施行村长选举制。任何有志成为村长的成年村民，都可以参加竞选，通过两轮普选胜出者，将在接下来三年担任村长。

村长有权处理村民间的纠纷，决定来年的耕种计划，代表村子与南洋公司谈判，协调生产经营，分配剩余利润等等，权力很大。但十名以上村民便可以提出对村长的罢免，过半数同意便可罢免成功，并重新召开选举。

这一系列闻所未闻的新政策，显然不是沈京可以想出来的，而是都出自沈默的构想。他显然把吕宋当成了试验场，想验证一下自己的理论是否适用于国人。而沈默这次的实地调研，除了看一下移民的实际成果外，更重要的是，对在这里进行了十年的政治实践进行验收。

结果出乎意料的好，沈默之前最担心的是，民众的素质会不会成为明煮的桎梏，但显然是多虑了……确实，在最初几年里，百姓普遍存在贪图小利、将自己的选票廉价出售的现象，花钱买票的现象十分严重。那些花费了巨额成本当上村长的人，自然会在任期内连本带利的捞回来，结果在那几年里乱象丛生，村长以权谋私、大肆侵吞集体利益的事情屡见不鲜，老百姓骂声一片。就连沈京也在写给沈默的信里，哀叹说对狗屁选举制度丝毫看不到希望，要是让自己来指定村长，情况会好很多。