令的事会获罪，就和杜曾一起反叛。王贡在沌阳向陶侃的参军郑攀发起攻击，将其击败，又在沔口打败朱伺。

陶侃准备移师退守，又被部将张奕迷惑，于是按兵不动。不久，王贡的军队到达。没想到背叛了陶侃的王贡联合流民军偷袭，陶侃战败。再战，陶侃的坐船也被叛军钩住，幸亏他跳上一只小船，才得以逃脱。

这次惨败使陶侃刚得到的官职也被革掉，但王敦认为，要消灭流民的起义，还是非得陶侃不可，王敦上表请陶侃以布衣身份领职。

陶侃再次率周访等进兵入湘，让都尉杨举为先锋，将杜弢击败，屯兵于城西。陶侃的部下致辞于王敦，为陶侃辩白，王敦于是上奏请恢复陶侃的官职。

杜弢部将王贡率三千精兵，出武陵江，诱骗五溪（今湘西南，包括邵阳、怀化地区）蛮夷相助，以水师截断官军道路，直逼武昌。陶侃派郑攀及伏波将军陶延连夜进军巴陵，出奇兵大败王贡，斩首千余级，归降者达万人，王贡只好退回湘城。

叛军内部产生了矛盾，杜弢因怀疑张奕而杀了他，叛军都不自安，降者日益增多。

王贡又来挑战，陶侃在远处对他说“杜弢是益州的小吏，盗用国库钱财，父亲死后竟不奔丧。你本是好人，为何要跟随他胡为？天下难道有善终的叛贼吗！”

开始王贡将脚横架在马背上，一副傲然无礼的样子，陶侃说罢，王贡肃然放下脚来端坐，神色言辞显得很恭顺。

陶侃知道他可以改变，再次予以说服，并截发起誓，王贡于是归顺陶侃。杜弢败走，陶侃率军攻克长沙，俘获了杜弢部将的毛宝、高宝、梁堪后回师，杜弢起义被平定。

王敦非常忌妒陶侃的功劳，陶侃要返回江陵，准备向王敦告辞，皇甫方回和朱伺等人劝谏，认为不能前往。

陶侃不听，王敦果然把他留住，降为广州刺史、平越中郎将，让自己的堂弟王廙任荆州刺史。陶侃在荆州的僚属请求王敦留下陶侃，王敦怒而不许。

陶侃部将郑攀、苏温、马鯭等人不愿南下，就到西边迎接杜曾以抵抗王廙。王敦认为郑攀这样做是奉陶侃的旨意，于是穿上铠甲手持兵器，想要杀掉陶侃，但往复几次还是拿不定主意。

陶侃严肃地说“使君雄毅果断，能裁决天下事，今天怎么这样犹豫不决。”便起身入厕。

王敦的谘议参军梅陶、长史陈颁对王敦说“周访和陶侃为姻亲，如同一左一右两支手，哪有砍他左手而右手不来帮忙的。”王敦这才作罢，设宴为陶侃饯行。

陶侃连夜出发，王敦又留陶瞻为参军。陶侃到达豫章后，见到周访，流着泪说“如果不是有你作外援，我性命难保。”

陶侃继续前进到达始兴，将入广州，逢杜弢余部杜弘与温劭等占据交州。闻陶侃将至，杜弘企图利用诈降偷袭。陶侃识破他的计谋，布兵设阵，一举将杜弘击溃。

诸将都请求乘胜进攻温劭，陶侃笑着说“如今我已是威名显赫，何必再动刀兵，只需要一纸布告，就可以解决。”

于是下书告谕，温邵因害怕逃走，追兵在始兴将他抓获。陶侃因功被封为柴桑侯，食邑增至四千户。

太兴元年（318年），陶侃进号平南将军。不久，又加都督交州军事。

永昌元年（322年），王敦之乱爆发。三月，朝廷下诏陶侃以本职领江州刺史，又转任都督、湘州刺史。

王敦攻入建康，把持朝政后，恢复了陶侃的本职，又加散骑常侍。当时交州刺史王谅为叛贼梁硕杀害，陶侃派部将高宝进击，将梁硕击败。

朝廷于是下诏命陶侃领交州刺史，根据陶侃前后的功劳，封其次子陶夏为都亭侯，进号征南大将军、开府仪同三司。

太宁三年（325年），王敦之乱平定后，晋明帝司马绍为避免重蹈覆辙，在一方面重用庾亮